Vous pouvez utiliser la facilité Windows de "glisser et déposer" ("drag and drop") avec Beyond Compare pour comparer les fichiers et les dossiers. Glisser un couple de fichiers ou de dossiers à partir d'un programme tel que l'Explorateur de Windows, et déposer-les dans Beyond Compare pour la comparaison.
Si Beyond Compare ne s'exécute pas déjà, glisser les items sur l'icône de Beyond Compare. Si Beyond Compare est en cours d'exécution, vous pouvez déposer un dossier dans le panneau de gauche ou de droite de la fenêtre du Visualiseur de Dossier pour y ouvrir le dossier. Ou déposer un couple de dossiers n'importe où dans la fenêtre principale pour y ouvrir les deux.
Pour les fichiers texte, déposez-en un dans le panneau de gauche ou de droite de la fenêtre du Visualiseur de Fichier, ou déposer un couple de fichier n'importe où dans la fenêtre. Si vous déposez plus de deux fichiers ou dossiers, seulement les deux premiers seront reconnus.
Si Beyond Compare s'exécute mais est minimisé ou est en arrière-plan, vous pouvez glisser les items sur le bouton de Beyond Compare dans la barre des tâches, attendre un moment (sans relâcher), et la fenêtre de Beyond Compare sera affichée pour vous en avant-plan.